L’origine de cette collection de manuscrits se situe au moment où une collecte de documents est initiée par Raymond de Saussure. Celui-ci, en 1953, « inquiet de voir disparaître instruments, manuscrits et correspondances de nombreux savants genevois, eut l’idée de créer un musée ». Marc Cramer, vice-président de l’Association du Musée et de la "Revue d’histoire des sciences" et premier conservateur du musée, fut donc, dès 1962, chargé de dresser un inventaire des acquisitions et d’aménager la Villa Bartholoni qui abrite le Musée. Ces documents, « un important cabinet de manuscrits », ont été récoltés dans diverses institutions et sociétés telles que l’Observatoire, le Muséum d’histoire naturelle, le Laboratoire de géologie et la Classe d’industrie et de commerce de la Société des Arts.
Outre de fonds d’institutions, les manuscrits proviennent de dons de familles patriciennes et de particuliers appartenant à des familles genevoises dont l’un des membres a été actif dans le domaine scientifique (recherche ou enseignement). En effet, en même temps que de regrouper des instruments pour en faire une collection pour le musée, il y a également eu une volonté de récolter des livres et des documents (manuscrits, portraits de savants). La provenance des dons n’a été que rarement consignée et n’est pas toujours connue. Toutefois, des éléments d’information glanés auprès de diverses sources (catalogue sur fiches par auteurs, correspondance de l’ancienne bibliothécaire) nous apprennent que la collection a continué de s’accroître au fil des années pour atteindre sa taille actuelle.
