Site de Malagnou
Sur le site de Malagnou se trouvent les archives historiques du Muséum d’histoire naturelle. Le fonds du Muséum couvre l’ensemble de l’histoire de cette institution, depuis sa création en 1820 (alors Musée académique de Genève) à nos jours. Ce fonds illustre les trois fonctions principales de l'institution, à savoir la gestion et l'enrichissement des collections, la recherche scientifique et la transmission des connaissances. Il offre par conséquent des sources importantes pour un large spectre de recherches: histoire des sciences, muséologie, développement culturel, et histoire naturelle.
Le fonds d’archives du Muséum inclut également les archives du Musée d’histoire des sciences depuis 2016, date à laquelle son statut est passé d’institution affiliée au Muséum (2006-2015) à un secteur pleinement intégré à l’organigramme du Muséum. Les archives du Musée d’histoire des sciences de 1964 (date de la création du musée) à 2015 sont conservées aux Archives de la Ville de Genève.
Des fonds privés de particuliers, de sociétés et d’associations, telles que le fonds de la société zoologique de Genève ou le fonds Paul Géroudet, célèbre ornithologue suisse, s'ajoutent au fonds du Muséum.