Chronologie des directeurs
1818-1843 : Conseil d'administration
1843-1878 : Commission d'administration
1878-1891 : Godefroy Lunel (1814-1891), zoologue (poissons et oiseaux) ; auteur d'une très belle monographie Histoire naturelle des poissons du Léman, parue en 1874.
1891-1927 : Maurice Bedot (1859-1927), zoologue (cœlentérés) ; fondateur en 1893 de la Revue suisse de Zoologie et à l'origine de la fondation en 1893 de la Société des Amis du Musée, qui deviendra Muséum, officiellement, en 1907.
1927-1953 : Pierre Revilliod (1883-1954), zoologue (mammifères surtout fossiles) ; auteur d'une monographie sur les chiroptères, il établit la réputation du Muséum dans son activité pour la sauvegarde de la nature.
1953-1969 : Emile Dottrens (1900-1990), zoologue (poissons, batraciens, reptiles, mammifères) ; défenseur de la protection de la nature à l'échelon cantonal, national et international, il aura la satisfaction d'inaugurer le Muséum de Malagnou fin 1966.
1969-1989 : Villy Aellen (1926- 2000), zoologue (mammifères insectivores, rongeurs, chiroptères) ; avec l'administrateur René Descombes, il élabore le concept du nouveau Muséum et organise le déménagement des collections à Malagnou. Grand spécialiste de la faune des grottes du monde entier, avec son collègue et ami Pierre Strinati, il fut très actif dans le domaine de la biospéléologie.
1989-2005 : Volker Mahnert (1943-2018), zoologue (pseudoscorpions, siphonaptères, poissons) ; tout en renforçant la réputation du Muséum en tant que pôle d'excellence dans le domaine de la biodiversité, il a développé les prestations offertes au public aussi bien à l'intérieur de l'institution qu'à l'extérieur.
2006-2012 : Danielle Decrouez, géologue (foraminifères du Crétacé et du Tertiaire, marbres blancs).
2012-2020 : Jacques Ayer, géologue (faunes du Jurassique, muséologie).
2021- : Arnaud Maeder, entomologiste
