La Société médicale de Genève a été créée le 26 décembre 1823. A cette date, trois autres associations de médecins existaient déjà :
- la Société de chirurgie, fondée en 1816, dissoute en 1831;
- la Société de médecine, qui succédait elle-même à la Société des médecins de Genève (1775-1788);
- la Société médico-chirurgicale (1809-1855).
L'initiateur de la Société médicale de Genève est le Dr Jean-François Coindet (1774-1834), docteur en médecine d'Edimbourg, médecin de l'Hôpital général pendant trente ans. C'est à lui que l'on doit l'idée d'employer l'iode dans le traitement du goître, idée qui connut d'importants développements. Mais quelques expériences initiales ayant été malheureuses, il fut sévèrement critiqué par ses confrères. Ces attaques l'incitèrent à fonder une quatrième société. A cet effet, il s'adjoignit cinq collègues qui ne faisaient pas partie des sociétés existantes, et qui n'avaient pas pris part à la polémique autour de l'iode. L'un d'eux était son fils Charles (1796-1876), également docteur en médecine d'Edimbourg, psychiatre et fondateur de la Métairie à Nyon. Le but de la nouvelle Société était avant tout scientifique, mais elle servit également de lieu de rencontre entre les médecins de spécialités et de statuts différents (médecins de l'hôpital, médecins de la ville, professeurs d'université). Son succès grandissant a provoqué en 1855, la disparition de la Société médico-chirurgicale et en 1882 celle de la Société de médecine.
La Société médicale de Genève a conservé, jusqu'à ce jour, son caractère essentiellement scientifique. En 1892, la création de l'Association des médecins du Canton de Genève (AMG), instituée pour défendre les intérêts de la profession, a incité plus que jamais la Société médicale de Genève à poursuivre ses activités de recherche. Une tentative de réunion avec l'AMG, en 1966, n'a pas abouti..
Une première Société de médecins de Genève apparaît déjà en 1713 pour disparaître en 1716. Il exista également une société médico-chirurgicale, dite du samedi, vers 1806-11.