Présentation du contenu : L'ensemble de cette correspondance est classée par année; au sein d'une année, le classement est alphabétique. Lors du traitement, le classement lettre par lettre a été reproduit sur des chemises pour les classeurs dotés d'intercalaires.
Une recherche dans ces dossiers ne doit pas se baser sur l'ordre alphabétique; en effet, un courrier peut être classé au nom de l'expéditeur ou du destinataire, de son institution, de la ville ou même selon un mot-matière. La particule n'est pas toujours prise en compte pour le classement.
Les documents de 1819 à 1847 ont fait l'objet d'un inventaire pièce par pièce, à une date indéterminée. Une feuille contenant une description sommaire des pièces (noms de l'expéditeur et du destinataire, date, objet) a été rédigée pour chaque année: ces feuilles ont été conservées avec les dossiers. Il n'y a aucun document pour les années 1828, 1835, 1838 à 1841, 1843, 1848 à 1850, 1852 à 1855, 1858, 1860, 1862, 1867.
Les documents datant de la première moitié du XIXe siècle traitent essentiellement des entrées d'objets: acquisitions, dons, missions scientifiques. A partir des années 1870, les sujets deviennent plus variés: les documents traitent notamment des relations avec les autorités municipales et cantonales, les établissements d'enseignement et d'autres musées d'histoire naturelle.
A partir de 1932, la correspondance reçue et les copies-lettres sont classées ensemble, par ordre alphabétique.
Certains dossiers contiennent des chemises intitulées "Notes internes", où sont rassemblés des documents qui étaient rangés en début de classeur et non alphabétiquement.
Les lettres échangées avec les autorités et les services municipaux sont en général classées ensemble au sein des dossiers. Selon les années, on les trouve sous la lettre C ou les mentions "Conseil", "Comptabilité", "Administration". Dès 1986, la correspondance interne à l'administration municipale est classée séparément de la correspondance externe (à l'intérieur de ces dossiers, les lettres sont classées par ordre chronologique inverse).
